La FOSSP/UNSA-Sport est administrée par un Conseil Fédéral composé des représentants désignés et mandatés pour 3 ans par les organisations syndicales affiliées et à jour de ses cotisations. Le Conseil Fédéral est composé au minimum de vingt membres titulaires élus par le Congrès Fédéral, sa composition numérique évoluera en fonction des nouvelles adhésions d'organisations syndicales. Le règlement intérieur précisera les modalités d'élection et de représentation des Organisations Syndicales.

Toutefois une seule organisation ne peut désigner à elle seule plus de la moitié des membres du Conseil Fédéral.